Минфин разъяснил порядок учета доходов в виде субсидий НКО на УСН в своем письме № 03-11-06/2/7127 от 11.03.2013 года:
В соответствии с п. 1 ст. 346.15 НК РФ налогоплательщики при применении упрощенной системы налогообложения должны включать в состав доходов, учитываемых при определении объекта налогообложения по налогу, доходы от реализации и внереализационные доходы. Указанные доходы определяются соответственно исходя из положений ст. 249 и 250 НК РФ. Доходы, предусмотренные ст. 251 НК РФ, в составе доходов не учитываются (п. 1.1 статьи 346.15 НК РФ).
Согласно п. 2 ст. 251 НК РФ при определении налоговой базы не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров). К ним относятся целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно на основании решений органов государственной власти и органов местного самоуправления и решений органов управления государственных внебюджетных фондов, а также целевые поступления от других организаций и (или) физических лиц и использованные указанными получателями по назначению. При этом налогоплательщики – получатели указанных целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (понесенных) в рамках целевых поступлений.
В частности, к целевым поступлениям согласно п.п. 3 п. 2 ст. 251 НК РФ относятся средства, предоставленные из федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов, бюджетов государственных внебюджетных фондов, на осуществление уставной деятельности некоммерческих организаций. Таким образом, поскольку субсидии предоставлены некоммерческой организации безвозмездно на осуществление уставной деятельности, при ведении раздельного учета указанные средства не учитываются при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения.
Специалисты бухгалтерского центра КГ «Капитал» также обращают внимание на то, что если суммы в виде субсидии, предоставленные некоммерческой организации безвозмездно на осуществление уставной деятельности, являются единственным источником ее дохода и не подпадают под налогообложение при применении упрощенной системы налогообложения, минимальный налог не исчисляется.