В письме Минфина № 03-03-10/10294 от 01.04.2013 года изложена позиция ведомства о порядке признания затрат на НИОКР:
В соответствии с п. 7 ст. 262 Налогового кодекса Российской Федерации налогоплательщик, осуществляющий расходы на НИОКР по перечню, установленному постановлением Правительства Российской Федерации от 24.12.2008 N 988, вправе включать указанные расходы в состав расходов того отчетного (налогового) периода, в котором завершены такие исследования или разработки (отдельные этапы работ) в размере фактических затрат с применением коэффициента 1,5.
К фактическим затратам налогоплательщика на НИОКР относятся затраты, предусмотренные п.п. 1-5 п. 2 ст. 262 НК РФ. П.п. 4 п. 2 ст. 262 НК РФ предусмотрено, что в состав расходов на НИОКР включаются другие расходы, непосредственно связанные с выполнением НИОКР, в сумме не более 75 % суммы расходов на оплату труда, указанных в п.п. 2 п. 2 ст. 262 НК РФ.
Согласно п. 5 ст. 262 НК РФ расходы на НИОКР в части, превышающей 75 % суммы расходов на оплату труда, указанных в п.п. 2 п. 2 ст. 262 НК РФ, включаются в состав прочих расходов в отчетном (налоговом) периоде, в котором завершены такие исследования или разработки (отдельные этапы работ).
В соответствии с п. 9 ст. 262 НК РФ, если в результате произведенных расходов на НИОКР налогоплательщик получает исключительные права на результаты интеллектуальной деятельности, указанные в п. 3 ст. 257 НК РФ, данные права признаются нематериальными активами, которые подлежат амортизации в порядке, установленном главой 25 НК РФ, либо по выбору налогоплательщика указанные расходы учитываются в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией, в течение двух лет. Избранный налогоплательщиком порядок учета указанных расходов отражается в учетной политике для целей налогообложения. При этом суммы расходов на НИОКР, ранее включенные в состав прочих расходов в соответствии с главой 25 НК РФ, восстановлению и включению в первоначальную стоимость нематериального актива не подлежат.