ФНС России в письме № ЕД-4-3/9944@ от 31.05.2013 года поясняет порядок начисления амортизации, учитываемой в целях налогообложения:
С 1 января 2013 Налоговый кодекс не связывает момент начала начисления амортизации по объектам основных средств с датой их государственной регистрации, а ставит его в зависимость только от ввода объектов основных средств в эксплуатацию. При этом новые нормы Налогового кодекса не имеют переходных положений для объектов основных средств, введенных в эксплуатацию до 1 января 2013 года.
Министерством финансов Российской Федерации по данному вопросу в письме от 12.03.2013 № 03-03-06/1/7285 разъяснено, что изменения, внесенные в Налоговый кодекс законом № 206-ФЗ, не распространяются на основные средства, введенные в эксплуатацию до 1 января 2013 года.
Из этого следует, что налогоплательщики до 1 января 2013 принявшие к учету и введшие в эксплуатацию в качестве основных средств недвижимое имущество, по которому документы на государственную регистрацию прав не подавались, не могут учесть амортизацию, начисленную по такому имуществу, ни по нормам Налогового кодекса, действовавшим до 1 января 2013, ни по нормам, действующим после этой даты.
Однако, по мнению ФНС России, указанное выше постановление Президиума ВАС РФ № 6909/12, а также имеющиеся неясности в действующей с 1 января 2013 года редакции Налогового кодекса, будут способствовать толкованию положения о возможности начисления амортизации по объектам основных средств, отраженных в бухгалтерском учете, введенных в эксплуатацию и используемых в производственной деятельности до 1 января 2013, в пользу налогоплательщиков.
В I квартале текущего года по сравнению с аналогичным периодом тенденция роста расходов в виде амортизационной премии и суммы амортизации сохранилась. Так, только по самым крупнейшим холдингам, образовавшим консолидированные группы налогоплательщиков, эти показатели выросли почти на 400 млрд. рублей. Применение названных изменений организациями, имеющими наибольший рост данных расходов (в том числе и по объективным причинам), к учтенным до 01.01.2013 объектам основных средств, выступает главным фактором снижения поступлений налога.